안녕하세요.
By Layer 식이라는 게 각 Layer별로 Drill을 따로 출력하고 싶다는 의미이시라면
Layer Pair를 설정하여 각 Layer별로 출력하는 방법 외에 별도로 방법이 있지 않습니다.

혹시 다른 의미라면, 추가 설명해주시면 방법을 찾아 보겠습니다.
감사합니다